PayPayで複数店舗を管理するには？権限設定・売上確認・注意点まで

(最終更新:2026年10月)

「PayPayを複数店舗で使っているけれど、売上をまとめて確認する方法がわからない」「スタッフごとにアクセスできる範囲を分けたい」——複数店舗を運営している事業者にとって、PayPayの管理まわりは悩みの種になりやすい部分です。
実は、PayPay for Businessには複数店舗を一元管理するための機能がしっかり備わっており、権限設定を正しく行えばスタッフそれぞれの担当範囲に合わせた運用が可能です。この記事では、PayPayで複数店舗を管理する方法を、アカウント構造の基本から設定手順・売上確認・よくあるトラブルまで、店舗オーナーの視点でわかりやすく解説します。

この記事でわかること
PayPayの加盟店(ブランド)と店舗(ストア)のアカウント構造の違いサブユーザーの追加と権限設定の具体的な手順複数店舗の売上・入金を正確に管理するためのポイント

この記事の結論
PayPayで複数店舗を管理するときは、ブランドとストアの2層構造を理解し、スタッフの権限を役職ごとに分けるのが基本です。
新店舗の追加は審査があるため、開店の1〜2週間前に申請しましょう。

PayPayは初期導入費0円・決済システム利用料1.60%〜で始められます。加盟店の申し込みは下記の公式ページから行えます。

PayPayで複数店舗を管理するための基本知識
PayPayで複数店舗を管理する具体的な設定手順
サブユーザーの権限設定で複数店舗を効率的に管理する方法
複数店舗の売上管理・入金を正確に行う方法
複数店舗でPayPayを運用する際の注意点とよくあるトラブル
PayPay複数店舗管理に関するよくある質問
まとめ：PayPayの複数店舗管理は「権限設計」が成否を分ける

PayPayで複数店舗を管理するための基本知識

PayPayの複数店舗管理を理解するうえで、まず押さえておきたいのが「ブランド」と「ストア」という2層構造です。この節では以下の3点を確認します。

ブランドとストアの関係
複数店舗管理に必要なアカウント構造
管理開始前に確認すべきポイント

PayPay加盟店数は2024年8月時点で1,000万か所超に達しており、複数店舗展開する事業者も急増しています。管理ルールを整えておかないと、入金額の突合ミスやスタッフへの過剰権限付与につながりますので、最初にしっかり理解しておくことが大切です。

PayPayの「加盟店(ブランド)」と「店舗(ストア)」の関係

PayPay for Businessでは、加盟店(ブランド)と店舗(ストア)という2層構造でアカウントが管理されます。
ブランドは「事業者全体」を指し、複数のストア(=個々の実店舗)を束ねる親アカウントのような存在です。たとえば「〇〇チェーン」というブランドのもとに「渋谷店」「新宿店」「池袋店」といったストアが紐づくイメージになります。

ブランドオーナーは全ストアのデータを一括で閲覧・操作できますが、ストア権限しか持たないスタッフは、割り当てられた店舗の情報しか見られません。複数店舗の管理では、この階層をまず頭に入れることがすべての基本になります。
なお、1つのブランドに対して登録できるストア数に上限は公式に明示されていませんが、追加のたびに審査が発生します。追加申請を急ぎすぎると審査が滞ることがあるため、計画的に進めましょう。

複数店舗管理に必要なアカウント構造を整理する

複数店舗を効率よく運用するには、アカウント構造を整理してから設定に入ることが先決です。
具体的には、①ブランドオーナーアカウント(経営者)、②ブランド権限のサブユーザー(エリアマネージャーなど)、③ストア権限のサブユーザー(各店舗スタッフ)という3層で設計するのが一般的です。

ブランドオーナーは全機能にアクセスでき、サブユーザーの追加・編集・削除も行えます。一方、サブユーザーは付与された権限の範囲内でしか操作できません。よくあるミスは「全員にブランド権限を与えてしまい、不要な情報まで見られる状態にする」ことです。各自の業務範囲に合った権限のみを付与しましょう。
設定前にスタッフ一覧と担当店舗の対応表を作成しておくと、後から権限を見直す際にも迷いません。

管理開始前に確認すべき3つのポイント

複数店舗のPayPay管理を開始する前に、次の3点を確認しておくと後のトラブルを防げます。
①各店舗の加盟店IDが正しく登録されているか、②入金先口座が店舗ごとに正しく設定されているか、③スタッフに共有するログイン情報を個別に発行しているか——この3点です。

PayPay公式ヘルプでは、セキュリティ上の理由からブランドオーナーのログイン情報をスタッフと共有することを推奨していません。複数人が1つのID・パスワードを使い回すと、退職後も元スタッフがログインできる状態が続くリスクがあります。
スタッフごとに個別のサブユーザーアカウントを発行し、退職時にはすぐに削除できる体制を整えておきましょう。具体的な設定手順は次の章で解説します。

PayPayで複数店舗を管理する具体的な設定手順

基本知識を踏まえたうえで、実際の設定手順に進みましょう。この章では以下の3ステップを解説します。

PayPay for Businessでの店舗一覧の確認方法
新しい店舗を追加する手順
サブユーザーの追加と権限設定

設定作業はすべてPayPay for Business上で完結します。ブランドオーナーのアカウントでログインしてから操作してください。

PayPay for Businessで店舗一覧を確認する方法

まずは現在登録されている店舗を一覧で確認する方法です。PayPay for Businessにログイン後、画面上部または左側メニューの「設定」→「店舗リスト」を開くと、ブランドに紐づく全店舗の一覧が表示されます。
店舗名・店舗ID・ステータスなどが一覧で確認でき、各店舗をクリックすると詳細情報や設定変更も可能です。

ここで押さえておきたいのは、サブユーザーに「プロフィールの閲覧」権限が付与されていないと店舗リストが表示されない点です。スタッフが「店舗一覧が見えない」と言ってきたら、まず権限設定を確認してください。
なお、店舗リストはブランドオーナーがメインで活用する画面です。店舗スタッフにはストア権限のみ付与し、必要な店舗の情報だけにアクセスさせる運用が、管理上最もすっきりします。

新しい店舗をPayPayに追加する手順

新規出店時に店舗をPayPayに追加するには、店舗リスト画面右上の「店舗を追加」ボタンから申請します。この操作はブランドオーナーのみが実行できます。
追加に必要な情報は、①店舗名、②住所・連絡先、③営業時間、④店舗写真、⑤業種カテゴリです。これらを入力・登録し、PayPay側の審査が完了すると新店舗が利用可能になります。

審査にかかる期間はおよそ3〜5営業日が目安とされていますが、業種や提出書類の内容によって前後することがあります。審査中に誤った情報を入力していると差し戻しになるため、住所や屋号は登記情報と一致させておきましょう。
注意したいのは、新店舗の開業直前に申請すると審査期間中は決済できない点です。オープンの少なくとも1週間前には申請を完了させるのが安全です。開業前にPayPayを使えるかどうかは、計画的なスケジュール管理にかかっています。

サブユーザーを追加して権限を設定する手順

スタッフに個別のログイン情報を発行するには、「設定」→「サブユーザー」からサブユーザーを追加します。必要情報は氏名・メールアドレスで、招待メールを送信すると相手側でパスワードを設定できます。
権限はブランド単位かストア単位かを選び、さらに「取引の参照」「返金処理」「サブユーザーの管理」など機能ごとに細かく設定します。

たとえば、特定店舗のレジ担当スタッフには「ストア権限(その店舗のみ)」と「取引の参照のみ」を付与するのが適切です。返金処理の権限を誤って付与すると、意図しない返金が発生するリスクがあります。
設定後は、実際にサブユーザーのアカウントでログインし、見えてほしくない情報が隠れているか確認するひと手間をおすすめします。設定ミスを事前に防ぐことができます。

複数店舗をまとめて管理できるのは、PayPay for Businessを使える加盟店ならではのメリットです。
新しい店舗の追加や新規の申し込みは、初期導入費0円で下記の公式ページから行えます。

サブユーザーの権限設定で複数店舗を効率的に管理する方法

サブユーザーの権限設定は、セキュリティと利便性の両方に直結する重要な作業です。この章では以下の3点を掘り下げます。

ブランド権限とストア権限の使い分け
各スタッフへの最適な権限の割り当て方
権限設定でよくあるミスと対処法

権限設定を間違えると、スタッフが不必要な情報にアクセスできたり、逆に必要な操作ができなかったりします。役職・業務内容に合わせた設計が肝心です。

ブランド権限とストア権限の正しい使い分け

PayPay for Businessのサブユーザー権限には、ブランド権限とストア権限の2種類があります。
ブランド権限は加盟店全体(複数店舗をまたぐ)の情報を扱えるため、エリアマネージャーや経理担当者に向いています。一方、ストア権限は指定した店舗のデータのみを閲覧・操作でき、各店舗の現場スタッフに適しています。

ただし注意したいのは、入金管理・インボイス設定・スタンプカード機能を利用するにはブランド権限が必要という点です。ストア権限しかないスタッフは、これらの設定画面が表示されません。
経理処理を現場スタッフが行うケースでは、ブランド権限の一部機能だけを付与する設定を検討してください。権限は「ブランド＋機能の絞り込み」で柔軟に組み合わせられます。まず業務フローを整理してから設定に入ると迷いがなくなります。

役職・業務内容別の権限設定パターン

どの権限をどのスタッフに付与するか、役職別のパターンをまとめると以下のようになります。

役職	推奨権限レベル	主な付与機能
経営者・オーナー	ブランドオーナー	全機能
エリアマネージャー	ブランド権限	売上参照・入金確認・サブユーザー管理
店長	ストア権限(担当店)	取引参照・返金処理
レジスタッフ	ストア権限(担当店)	取引参照のみ

実際にこのような権限設計を導入した飲食チェーンのオーナーからは、「エリアマネージャーが全店舗の売上を一目で確認できるようになり、月次報告の作業時間が半分以下になった」という声があります。
権限設定はあとから変更できますが、変更の際は現在の権限内容をメモしておくと管理しやすいです。変更履歴は画面上に残らないため、スプレッドシートなどで社内管理することをおすすめします。

権限設定でよくあるミスと対処法

複数店舗の権限設定でよく起きるミスは、大きく3つあります。
①退職したスタッフのアカウントを削除し忘れる、②全スタッフにブランド権限を付与して情報が筒抜けになる、③新店舗を追加したのにサブユーザーの権限を更新し忘れる——この3パターンです。

①については、スタッフの退職時にサブユーザー削除をチェックリストに必ず含めることが有効です。PayPay for Businessのサブユーザー画面から、対象アカウントの「削除」を選ぶだけで完了します。
③については、新店舗追加のたびに既存サブユーザーへの店舗割り当てを見直す習慣をつけましょう。新ストアはデフォルトでは既存サブユーザーに割り当てられないため、手動で追加する必要があります。定期的な権限棚卸しを月1回設けると安心です。

複数店舗の売上管理・入金を正確に行う方法

権限設定ができたら、次は日常の売上管理と入金確認の方法を押さえましょう。この章では以下の3点を説明します。

店舗ごとの売上データを確認する方法
複数店舗の入金管理のポイント
売上データのダウンロードと会計処理

複数店舗をまとめて管理していると、どの店舗の売上がどこに入金されたか把握しにくくなりがちです。仕組みを理解しておくことで、入金トラブルを事前に防げます。

店舗ごとの売上データを確認する方法

PayPay for Businessで店舗ごとの売上を確認するには、ブランド権限でログインし、「取引」メニューから対象ストアを絞り込む方法が基本です。
売上一覧では取引日時・金額・決済種別（コード決済/ポイント還元など）が表示され、CSVでのダウンロードも可能です。エリアマネージャーが複数店舗をまとめて確認したい場合は、ブランド全体の集計ビューを活用してください。

ここで押さえておきたいのは、店舗ごとの売上データは「ストアID」で紐づいている点です。同一ブランドでも店舗ごとにストアIDが異なるため、レポートを集計する際は必ずストアIDを基準に管理しましょう。
月次レポートを作成する際は、月末にCSVをダウンロードして会計ソフトに取り込む流れが効率的です。ダウンロードのタイミングを毎月1日に習慣化すると、データ管理のミスを防げます。

複数店舗の入金管理で押さえるポイント

複数店舗を運営していると、入金額と売上データの突合が複雑になります。PayPayの入金は原則として加盟店(ブランド)単位でまとめて振り込まれるため、複数のストア売上が1つの入金に合算されるケースがあります。
入金額が合わないと感じたら、PayPay for Businessの「入金」メニューから入金詳細を開き、どの店舗のどの取引が含まれているかを確認してください。

なお、入金サイクルは「当月末締め・翌月最短翌々営業日振込」が基本で、月1回の入金であれば入金手数料は無料です。一方、早期振込(最短翌営業日)を使う場合は1.6%の手数料がかかります。
複数店舗で売上が大きくなるほど早期振込手数料の負担も増えるため、資金繰りに余裕がある場合は通常の月次入金を選ぶほうが費用を抑えられます。まず各店舗の月次売上規模を把握してから入金サイクルを選ぶようにしましょう。

売上データのダウンロードと会計処理への活用

PayPay for BusinessからダウンロードできるCSVには、取引日時・金額・手数料・ストアIDなどが含まれています。このデータを会計ソフト（freee、マネーフォワード、弥生など）に取り込むことで、仕訳作業を効率化できます。
ただし、会計ソフトへの直接連携機能はPayPay for Business単体では持っていないため、CSVをダウンロードして手動でインポートするか、外部の連携ツールを使う必要があります。

複数店舗のデータを一括インポートする際は、ストアIDを「部門コード」に対応させると、店舗別損益管理がスムーズです。たとえば「渋谷店=001」「新宿店=002」のように部門を分けて登録しておくと、月次の店舗別収支が一目でわかります。
電子帳簿保存法の観点では、PayPayの取引データは電子保存が可能ですが、PDFや画像として保存するだけでは要件を満たさない場合があります。CSVデータを検索可能な形式で管理することを意識してください。

複数店舗でのPayPay運用をより効率化したい方は、まず無料プランで試してみることをおすすめします。詳しい機能はこちらから確認できます。

複数店舗でPayPayを運用する際の注意点とよくあるトラブル

正しく設定できても、運用フェーズで想定外のトラブルが起きることがあります。この章では以下の3つの注意点を解説します。

店舗追加時の審査と必要書類
複数店舗でよくあるトラブルと対処法
セキュリティを保つためのアカウント管理

トラブルの多くは「事前の準備不足」が原因です。知っておくだけで回避できるポイントを確認しておきましょう。

店舗追加時の審査で気をつけること

新店舗をPayPayに追加する際は、既存加盟店の追加であっても審査が改めて行われます。審査で必要になる書類は業種によって異なりますが、一般的に「本人確認書類」「店舗の営業許可証（飲食業など）」「登記簿謄本（法人の場合）」などが求められます。
とくに飲食店、古物商、医療機関などの許認可業種は、免許証のコピーが必要なことが多く、書類が揃っていないと審査が差し戻されます。

注意したいのは、屋号や住所を本登録と異なる内容で申請すると審査が通らない点です。移転や屋号変更後に追加申請する場合は、先に既存店舗の登録情報を変更してから手続きを進めてください。
審査期間中は新店舗でのPayPay決済ができないため、オープン前に余裕を持って申請しておくことが重要です。「オープン直前に申請した」「書類が不足していた」というケースで開業初日に決済できないトラブルが実際に起きています。少なくとも1〜2週間前の申請完了を目指しましょう。

複数店舗で起きやすいトラブルと対処法

複数店舗でPayPayを運用していると、特有のトラブルが起きやすくなります。代表的なものを3つ挙げます。
①入金額が合わない：複数ストアの売上が合算入金されることで、各店舗の売上と入金額の突合が難しくなります。PayPay for Businessの入金詳細画面でストアごとの内訳を確認してください。

②スタッフが別店舗の情報を見てしまう：権限設定のミスが原因です。サブユーザーに不要なストアが紐づいていないか定期的に確認しましょう。
③新店舗追加後にスタッフがログインできない：新ストアを追加してもサブユーザーへの権限追加は自動で行われません。追加後に必ずサブユーザーの設定画面から該当ストアを割り当ててください。これを忘れると現場スタッフが決済を確認できず、混乱が起きます。

セキュリティを保つためのアカウント管理の習慣

複数店舗・複数スタッフで運用する場合、アカウントのセキュリティ管理は欠かせません。PayPay公式はブランドオーナーのID・パスワードの共有を推奨していないため、必ずスタッフごとにサブユーザーアカウントを発行してください。
また、PayPay for BusinessはSMS認証や二段階認証に対応しているため、不正アクセスのリスクを下げるためにも有効活用が望まれます。

ここで押さえておきたいのは、退職・異動が発生したときは必ず当日中にサブユーザーを削除または権限変更することです。削除が遅れると、元スタッフが取引データにアクセスし続けるリスクがあります。
「退職処理チェックリスト」にPayPay for Businessのサブユーザー削除を必須項目として加えておくのが現実的な対策です。定期的（月1回程度）にサブユーザー一覧を見直し、不要なアカウントが残っていないか確認する習慣をつけましょう。