(最終更新:2026年9月)
PayPayを導入している店舗オーナーのあなた、インボイス制度への対応でお悩みではありませんか？
2023年10月にインボイス制度（適格請求書等保存方式）がスタートして以来、「PayPayの決済手数料にもインボイスが必要なのか」「適格請求書はどこから取得できるか」といった疑問を持つ経営者は少なくありません。
実は、PayPayの決済手数料は2024年1月以降「非課税」に変更されており、決済手数料についてはインボイスの取得が不要になっています。
一方、振込手数料やPayPayマイストアの月額利用料などは引き続き課税対象です。この違いを正しく理解しておかないと、確定申告での仕入税額控除の計算がずれてしまいます。
この記事では、PayPay加盟店のインボイス対応について、手数料の課税・非課税の区別から適格請求書のダウンロード手順、確定申告での注意点まで、順を追って解説します。
| この記事でわかること |
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PayPay加盟店がインボイス制度について知るべき3つの基礎知識
インボイス制度はすべての事業者に影響する税制度の変更です。PayPay加盟店として正しく対応するために、まず基礎から押さえておきましょう。
このセクションでは、次の3つのポイントを解説します。
- インボイス制度の概要と始まった背景
- 課税事業者・免税事業者でPayPay利用時の影響の違い
- PayPayが適格請求書発行事業者として登録している事実
インボイス制度とは？2023年10月にスタートした消費税の新ルール
インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは、消費税の仕入税額控除を受けるためには、国に登録した事業者が発行する「適格請求書（インボイス）」を保存することが必要になる制度です。
2023年10月1日からスタートし、それ以前の請求書では対応できません。
仕入税額控除とは、仕入れや経費で支払った消費税を、売上で預かった消費税から差し引いて国に納付できる仕組みです。
たとえば、売上で10万円の消費税を預かり、経費で5万円の消費税を支払った場合、差額の5万円だけ納税すればよい計算になります。
インボイス制度では、この控除の根拠として、取引先から発行された適格請求書の保存が義務づけられました。インボイスのない経費は仕入税額控除の対象外になるため、PayPay加盟店が支払う各種手数料の扱いを正確に把握しておく必要があります。
まず自分の店が課税事業者か免税事業者かを確認することが最初のステップです。
注意したいのは、制度の対象となる書類は「適格請求書発行事業者」として登録された事業者が発行したものに限られる点です。登録番号のない書類は仕入税額控除の根拠として認められません。
PayPayはこの登録を済ませており、発行する帳票には登録番号が記載されています。
課税事業者と免税事業者でPayPay利用時の影響がどう違うか
売上が1,000万円を超える事業者は消費税の課税事業者、1,000万円以下の事業者は免税事業者に分類されます（2期前の課税売上高が基準）。
PayPay加盟店でのインボイス対応の重要度は、この区分によって大きく変わります。
課税事業者の場合、PayPay関連の手数料について適格請求書を保存しておかないと、仕入税額控除を受けられなくなります。
ただし後述するように、PayPayの決済手数料は非課税取引に変更されたため、振込手数料やマイストア利用料など課税取引となる費用のインボイス保存が実務上の焦点です。
免税事業者の場合、そもそも消費税の申告をしないため、仕入税額控除の管理は必要ありません。
ただし、売上が伸びて課税事業者に切り替わったタイミングですぐに対応が求められます。事前に手順を把握しておくことをおすすめします。
ここで押さえておきたいのは、免税事業者がBtoB取引（事業者間取引）を行っている場合の問題です。免税事業者は適格請求書を発行できないため、取引相手の課税事業者が仕入税額控除を受けられなくなります。
PayPayを通じた消費者への販売（BtoC）がメインの店舗では直接影響しませんが、卸売や法人向け取引がある場合は別途対応が必要です。
PayPayは適格請求書発行事業者として正式に登録している
PayPayは適格請求書発行事業者として正式に登録されており、登録番号は「T5010001192707」です。
PayPayが発行する帳票にはこの登録番号が記載されているため、課税事業者が仕入税額控除を申請するための書類として使えます。
PayPay加盟店側では、インボイス制度への対応のための手続きや費用負担は一切ありません。
また、適格請求書発行事業者への登録有無によって加盟店契約が解除されることもないため、「登録しなければPayPayが使えなくなる」という心配は不要です。
ただし、すべての帳票が適格請求書に該当するわけではありません。PayPayが提供する帳票には「利用料等請求書」「支払明細書兼振込手数料等請求書」「精算書」の3種類があり、このうち精算書は適格請求書に当たりません。
どの書類が税務上有効かを把握しておくことが大切です。
なお、適格請求書の確認・ダウンロードには「PayPay for Business」のWeb版アカウントが必要です。スマートフォンアプリ版では対応していません。
まだWeb版を使っていない加盟店は、この機会にアクセスして「適格請求書」メニューの場所を確認しておきましょう。
PayPayの手数料はインボイス対応が必要？課税・非課税の区別を理解する
PayPay加盟店が支払う費用のうち、課税取引と非課税取引の区別を把握することがインボイス対応の第一歩です。
2024年以降は費用の種類によって対応が大きく異なります。以下の3点を順に解説します。
- 決済手数料の課税・非課税の変更（2024年1月）
- 振込手数料・マイストア利用料は引き続き課税対象
- 費用ごとのインボイス発行可否を一覧で確認
PayPayを導入する前に費用全体の詳細を確認したい方は、導入サポートの情報もあわせてチェックしてみてください。
決済手数料は2024年1月以降「非課税」に変更済み
2023年10月のインボイス制度開始当初、PayPayの決済システム利用料（決済手数料）は課税取引として扱われており、適格請求書が発行されていました。
しかし2024年1月1日より、決済手数料の消費税の取り扱いが「課税」から「非課税」に変更されました。
非課税取引になると、その費用には消費税がかかりません。仕入税額控除の計算には消費税が含まれる課税取引のみが対象になるため、非課税となった決済手数料はインボイスの取得対象外になります。
2024年1月以降の決済手数料に関しては、インボイス（適格請求書）は発行されません。
これは多くの加盟店にとって実務上の手間が減る変更です。毎月の決済手数料についてインボイスを取得・保存する必要がなくなりました。
ただし、2023年10月〜12月の3ヶ月分については課税取引として扱われていたため、その期間のインボイスが必要な場合はPayPay for BusinessのWeb版から取得できます。
よくあるミスは「PayPayの手数料すべてにインボイスが必要」と思い込んで、毎月精算書を適格請求書として保存してしまうことです。精算書は適格請求書に該当しないため、これだけでは仕入税額控除の根拠になりません。
税理士に相談する際は「PayPay決済手数料は2024年1月から非課税」と明確に伝えると、仕訳処理をスムーズに進めてもらえます。
振込手数料とマイストア利用料は課税対象のままインボイスが必要
決済手数料が非課税になった一方、次の費用は引き続き課税取引として扱われ、適格請求書の発行対象となっています。
課税事業者の方はこれらの費用についてインボイスを保存する必要があります。
まず、PayPayからの売上振込時に発生する「振込手数料」は課税取引です。通常の入金（10営業日サイクル）では振込手数料は無料のため発生しませんが、「都度振込（翌営業日入金）」を利用すると売上金の0.1%（税込）の手数料がかかります。
この手数料分の適格請求書が「支払明細書兼振込手数料等請求書」として発行されます。
次に、PayPayマイストアのプレミアムプラン（月額1,980円税込）や、クーポン・スタンプカードの利用料（それぞれ月額3,278円税込が目安）も課税取引です。
これらのサービスを契約している加盟店は、毎月の「利用料等請求書」を保存しておく必要があります。
注意したいのは、ライトプラン（無料）でオプション機能を使っていない加盟店の場合、課税対象の手数料がゼロになるケースがある点です。
どのPayPayサービスを契約しているかを確認し、課税対象の支払いが発生しているかを把握したうえで保存すべき書類を判断しましょう。
費用ごとのインボイス発行可否を一覧で確認する
PayPay加盟店が支払う費用とインボイスの発行可否を表にまとめました。
一覧で確認することで、どの書類を取得・保存すべきかが明確になります。
| 費用の種類 | 課税区分 | インボイス発行 | 帳票の種類 |
|---|---|---|---|
| 決済手数料（2024年1月以降） | 非課税 | なし | 精算書（参考資料のみ） |
| 決済手数料（2023年10〜12月） | 課税（旧） | あり | 利用料等請求書 |
| 振込手数料（都度振込利用時） | 課税 | あり | 支払明細書兼振込手数料等請求書 |
| マイストア月額利用料 | 課税 | あり | 利用料等請求書 |
| クーポン利用料 | 課税 | あり | 利用料等請求書 |
| スタンプカード利用料 | 課税 | あり | 利用料等請求書 |
精算書は売上・手数料の確認用の参考資料であり、適格請求書には該当しません。税務上の証拠書類として有効なのは「利用料等請求書」と「支払明細書兼振込手数料等請求書」の2種類のみです。
自分の店で発生している費用と照らし合わせて、取得が必要な書類を整理しましょう。
PayPay for BusinessでインボイスをダウンロードするPayPay対応の操作手順
適格請求書が必要な場合、PayPay for BusinessのWeb版から取得できます。操作自体は難しくありませんが、権限設定や対象期間など注意点があります。
このセクションでは具体的な3つのポイントを解説します。
- 適格請求書メニューへのアクセス方法と必要な権限
- 3種類の帳票の違いと目的別の使い分け
- よくあるダウンロードトラブルと解決策
適格請求書メニューへのアクセス方法と必要な権限
PayPay for BusinessのWeb版にログインし、管理画面の左側メニューから「適格請求書」を選択するとダウンロード画面にアクセスできます。
スマートフォンアプリ版のPayPay for Businessでは適格請求書のダウンロードに対応していないため、必ずパソコンのブラウザからWeb版を利用してください。
複数スタッフがPayPay for Businessを使っている場合、サブユーザーの権限設定が重要です。適格請求書をダウンロードするには「ブランドオーナーユーザー」か、「適格請求書履歴の参照権限」が付与されたサブユーザーでログインしている必要があります。
サブユーザーにこの権限が付与されていない場合は、ブランドオーナーアカウントで権限設定を変更してから再度試みてください。
取得できる帳票の対象期間は2023年10月1日以降の取引分です。それ以前の期間の適格請求書は存在しないため、古い期間を指定してもデータはありません。
帳票はPDF形式で提供されており、郵送や電子メールでの送付には対応していません。ダウンロードのみで取得する運用となります。
ブランドオーナーかどうかの確認はログイン後のアカウント設定画面でできます。迷った場合はPayPay加盟店サポートセンターに問い合わせると対応方法を案内してもらえます。
まずはWeb版にログインし、メニューに「適格請求書」の項目があるかどうかを確認することから始めましょう。
3種類の帳票の違いと目的別の使い分け
PayPay for Businessの適格請求書メニューでは3種類の帳票をダウンロードできます。それぞれの目的と特徴を把握して使い分けましょう。
3種類は「利用料等請求書」「支払明細書兼振込手数料等請求書」「精算書」です。
「利用料等請求書」は、マイストアの月額利用料・クーポン利用料・スタンプカード利用料などの課税サービス費用の適格請求書です。売上の締め日ごとに発行され、仕入税額控除の対象経費として帳簿に計上するために使います。
マイストアやクーポン機能を利用している加盟店は、毎月この書類をダウンロード・保存しておきましょう。
「支払明細書兼振込手数料等請求書」は、売上入金時に振込手数料（都度振込利用料）が発生した場合に発行される帳票で、振込手数料の部分のみが適格請求書に該当します。
都度振込を使っていない通常入金（10営業日サイクル）の場合は振込手数料が無料のため、この帳票の取得は必要ありません。
「精算書」は月ごとの売上・決済件数・手数料などを確認するための参考資料です。精算書は適格請求書に該当しないため、税務上の証拠書類としては使えません。
売上確認や税理士への説明資料として活用する書類と認識しておいてください。仕入税額控除の根拠にはなりません。
よくあるダウンロードトラブルと解決策
PayPay for Businessで適格請求書をダウンロードしようとしてうまくいかない場合、次のような原因が多く見られます。
問題を切り分けて対処してみてください。
最もよくある原因は「権限不足」です。サブユーザーでログインしている場合、「適格請求書履歴の参照権限」が付与されていないと帳票メニューが表示されません。
ブランドオーナーアカウントでログインし直すか、管理者にサブユーザーの権限設定を依頼しましょう。
次に多いのが「対象期間の指定ミス」です。2023年9月以前を指定してもデータが存在しないため空の画面になります。必ず2023年10月以降を指定してください。
また、帳票の発行タイミングは決済手数料の締め日翌日以降になるため、当月分は月末〜翌月初めに確認するのが適切です。
スマートフォンアプリからアクセスしている場合も適格請求書メニューは表示されません。必ずパソコンのブラウザでWeb版を開いてください。
これらを確認してもダウンロードできない場合は、PayPay加盟店サポートセンターに問い合わせると具体的な対処法を案内してもらえます。問い合わせ前に「アカウント種別（ブランドオーナー/サブユーザー）」「対象年月」「エラーメッセージ」を手元に準備しておくとスムーズです。
PayPayのインボイス対応を活かした確定申告・帳簿管理の注意ポイント
適格請求書の取得方法がわかったら、実際の確定申告や日常の帳簿管理にどう活かすかを理解しましょう。
このセクションでは3つの重要な観点から解説します。
- PayPay手数料の経費計上と消費税処理の考え方
- 電子帳簿保存法への対応とPayPay書類の保管方法
- 会計ソフト連携で仕訳処理を効率化する
PayPayの導入コストや費用の全体像をあらためて確認したい方は、こちらも参考にしてください。
PayPay手数料の経費計上と消費税処理のポイント
帳簿の仕訳上、PayPayの費用はどのように処理すべきでしょうか。決済手数料と振込手数料・マイストア利用料では消費税の取り扱いが異なります。
この違いを会計ソフトに正確に入力することが、正しい確定申告につながります。
2024年1月以降の決済手数料（非課税）は「支払手数料（非課税）」として仕訳します。消費税が含まれていないため仕入税額控除の対象外です。
たとえば月の決済手数料が10,000円だった場合、仕訳は「支払手数料 10,000円 / 未払金 10,000円（消費税区分：非課税）」となります。
振込手数料やマイストア利用料は「支払手数料（課税）」として仕訳し、消費税込みで計上します。マイストアプレミアムプランの月額1,980円（税込）の場合、本体価格は1,800円・消費税は180円です。課税事業者はこの180円分を仕入税額控除に算入できます。
会計ソフトで「軽減税率対象外・10%」と区分設定してください。
よくあるミスは、決済手数料をすべて「課税」として処理してしまうことです。2024年以降は非課税なので、間違えると消費税の計算がずれます。
「PayPayの決済手数料は2024年1月から非課税」と税理士に伝えたうえで確認することをおすすめします。
電子帳簿保存法への対応とPayPayの書類の保管方法
2024年1月から電子取引のデータを電子のまま保存することが義務化されました。PayPayからPDFで取得した適格請求書も電子データとしての保存が必要です。
紙に印刷して保管するだけでは、電子帳簿保存法の要件を満たさない場合があります。
電子保存の要件は主に「真実性の確保（改ざん防止措置）」と「可視性の確保（検索・閲覧できること）」の2点です。
具体的には、ダウンロード後にタイムスタンプを付与するか、日付・金額・取引先（PayPay）などを検索できる状態でフォルダ管理することが求められます。
freee・マネーフォワード・弥生などの会計ソフトは電子帳簿保存法に対応した保存機能を備えています。これらを使っている場合はソフト上でPDFを紐付けて保存する方法が最も効率的です。
会計ソフトを使っていない場合は、取引先・日付・金額をファイル名に含めてクラウドストレージに保存する方法でも要件を満たせます。
保存期間は確定申告の法定申告期限から7年間（個人事業主の場合）が原則です。PayPayの書類も同様に7年分の保管を想定した仕組みを整えましょう。
万が一に備えてバックアップも取っておくと安心です。
会計ソフトとの連携でPayPayの仕訳処理を効率化する
PayPayはfreee・マネーフォワード・弥生といった主要な会計ソフトとのデータ連携に対応しています。売上データを自動で取得して仕訳できるため、手入力の手間を大幅に削減できます。
月に数十件から数百件のPayPay決済がある店舗では、連携機能の活用が経理業務の効率化に直結します。
連携設定はPayPay for BusinessのWeb版からCSV形式で取引履歴をダウンロードし、会計ソフトにインポートする方法が一般的です。一部のソフトではAPI連携による自動同期にも対応しており、設定後は手動ダウンロードが不要になります。
どの連携方法が使えるかは利用している会計ソフトのサポートページで確認してください。
インボイス対応の観点では、連携時に消費税区分（課税・非課税・対象外）が正しく設定されているかを確認することが大切です。
特に決済手数料の消費税区分が「非課税」に設定されていないと、仕入税額控除の計算にずれが生じます。連携設定後はサンプルデータで区分が正しいか必ず確認しましょう。
PayPayのインボイス対応に関するよくある質問
Q. PayPayの決済手数料にはいまでもインボイスが発行されますか？
2024年1月1日以降、決済手数料は非課税取引に変更されたため、インボイスは発行されません。2023年10〜12月分については発行されており、PayPay for BusinessのWeb版から取得できます。
Q. PayPayの適格請求書発行事業者登録番号を教えてください。
PayPayの登録番号は「T5010001192707」です。国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトでも確認できます。
Q. 適格請求書はスマートフォンアプリからダウンロードできますか？
アプリ版のPayPay for Businessでは対応していません。パソコンのブラウザからPayPay for BusinessのWeb版にアクセスして取得してください。
Q. PayPay for Businessのサブユーザーでも適格請求書を取得できますか？
「適格請求書履歴の参照権限」が付与されたサブユーザーであれば取得できます。権限がない場合はブランドオーナーに設定変更を依頼してください。
Q. 免税事業者でもPayPayのインボイス対応は必要ですか？
現時点では必要ありません。ただし売上が伸びて課税事業者になった際に備え、対応手順を事前に把握しておくと安心です。
Q. 精算書はインボイスとして税務上使えますか？
精算書は適格請求書に該当しません。仕入税額控除の証拠書類として有効なのは「利用料等請求書」と「支払明細書兼振込手数料等請求書」の2種類です。
Q. 電子帳簿保存法では、PayPayから取得したPDFをどう保管すればよいですか？
ダウンロードしたPDFは電子データのまま保存することが必要です。印刷して紙で保管するだけでは要件を満たさない場合があります。会計ソフト上での電子保存が効率的です。
まとめ：PayPay加盟店のインボイス対応チェックリスト
PayPayのインボイス対応について、重要なポイントを振り返ります。特に2024年1月からの決済手数料の非課税化は多くの加盟店が見落としやすい変更なので、確実に把握しておきましょう。
以下のチェックリストで自分の店の対応状況を確認してください。
- PayPay決済手数料は2024年1月以降「非課税」→ インボイスの取得・保存は不要
- 振込手数料・マイストア利用料などは課税取引 → 「利用料等請求書」等のインボイスを保存する
- 適格請求書はPayPay for Business Web版の「適格請求書」メニューから取得する
- 取得権限はブランドオーナーか「参照権限付き」サブユーザーのみ
- 精算書はインボイスではないため、税務証拠書類として使えない
- 取得したPDFは電子帳簿保存法に沿って電子データのまま保存する
- 会計ソフト連携時は決済手数料の消費税区分「非課税」を必ず確認する
インボイス制度は法人・個人事業主を問わず、課税事業者すべてに関わるルールです。正確な費用区分を把握して経費管理を適切に行うことで、余分な税負担を防ぎ、安心して経営に集中できます。
PayPayのインボイス対応についてさらに詳しく知りたい方や、これからPayPayの導入を検討している方は、下記よりご確認ください。
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