PayPay確定申告のやり方｜個人事業主向け売上・手数料の処理方法

(最終更新:2026年9月)

PayPayを使って売上を受け取っている個人事業主の方で、確定申告の際に「PayPayの売上をどう処理すればいいのか」と悩んでいる方は多いのではないだろうか。
現金収入と違って入金タイミングにズレがあること、手数料がどんな経費扱いになるのかが分かりにくいこと——こうした疑問を解決しないまま申告すると、計上漏れや誤りが生じるリスクがある。PayPayの売上は確定申告でも適切に処理すれば全額経費・収入として反映できる。この記事では、個人事業主がPayPayを確定申告する際の具体的な手順・仕訳例・インボイス対応まで網羅して解説する。

個人事業主がPayPayを確定申告する際の基本ルール

PayPayの売上を確定申告で処理するには、まず以下の基本ルールを把握しておこう。

• PayPayの売上をいつ収入として計上するか
• 決済手数料の経費処理の扱い
• 入金サイクルと帳簿記載のタイミング

PayPayの売上はいつ収入として計上するか

確定申告では、収入の計上タイミングが「現金主義」か「発生主義（実現主義）」かによって異なる。個人事業主の場合、原則として商品やサービスを提供した日（売上が発生した日）に収入を計上する「発生主義」が適用される。
PayPayは決済から口座への入金まで数日〜数週間のズレがあるが、税務上の収入認識はあくまで「PayPayで決済が完了した日」だ。たとえば12月31日にPayPay決済が発生し、翌年1月に入金される場合でも、12月分の売上として当年の確定申告に含める必要がある。
なお、青色申告を行っている事業者（前年の収入が一定以下で現金主義の届出をした者を除く）は発生主義が強制される。確定申告を正しく行うためにも、PayPay for Businessの取引データは月次で必ずチェックしておこう。

現金商売に慣れていると「お金が口座に入ったときが収入」と考えがちだが、PayPayは発生主義の典型例だ。飲食店を経営するAさん（個人事業主）は「PayPay導入初年度の確定申告で、12月分の未入金売上を計上し忘れて税務署から問い合わせを受けた」と話している。翌年からは12月末に必ず残高を確認するようにしたそうだ。
発生主義の適用は一度理解してしまえば難しくない。「PayPayで決済音が鳴った日が収入の計上日」と覚えておくだけで大きなミスは防げる。

もう一つ覚えておきたいのは、PayPayの返金（返品対応）が発生した場合の処理だ。返金時は「売上のマイナス（売上返品）」として処理するのが正しい。払い戻し手数料（返金時に発生する場合がある）が別途かかる場合は「支払手数料」として経費計上できる。
返金の記録もPayPay for Businessで確認できるため、CSV出力時に「返金」フラグのある行を見落とさないよう注意しよう。返金処理の仕訳を誤ると収益が過大計上になる。

決済手数料は全額「支払手数料」として経費に算入できる

PayPayの決済手数料（売上の1.60〜1.98%）は、事業に必要な費用として全額経費に計上できる。勘定科目は「支払手数料」を使うのが一般的だ。税務上、この手数料は「事業遂行上必要な費用」として認められており、課税対象となる利益を減少させる効果がある。
注意したいのは、PayPayへの入金額はすでに手数料が差し引かれた「純入金額」になっている点だ。帳簿には「売上（手数料差引前の金額）」を収入として記載し、「支払手数料（差し引かれた分）」を別途経費として計上する必要がある。入金額だけを収入として記録すると、収益が過少申告になる可能性があるため注意してほしい。
マイストア ライトプランの月額費用（月550円・税別）も同様に「支払手数料」または「通信費」として経費処理できる。

入金サイクルと年度またぎの処理

PayPayの入金サイクルは「翌日入金」（月商20万円以上の場合。手数料0.0〜0.2%）と「月次入金」（翌月第2営業日前後。手数料無料）がある。月次入金を選んでいる場合、12月の売上が翌年1月に入金されるケースが多いため、年度またぎの処理に注意が必要だ。
発生主義の原則では、12月中の売上はすべて当年の収入として申告しなければならない。PayPay for BusinessのCSVを出力し、12月分の売上合計を確認した上で帳簿に記載しよう。会計ソフトを使っている場合は「未収入金」として一時計上し、入金時に振り替える方法が正確だ。
この処理を怠ると、実際の売上と申告額にズレが生じ、税務調査の際に問題になる可能性がある。年末には必ず12月31日時点の未入金PayPay売上を確認するクセをつけてほしい。

PayPayの帳簿付けと仕訳の具体的な方法

PayPayの取引を帳簿に正確に記録するためのポイントを解説する。ここを理解すれば、確定申告の際に慌てなくて済む。実際に「帳簿の付け方が分からず確定申告を税理士に丸投げしていたが、仕訳パターンを覚えてから自分で処理できるようになった」という事業者も多い。

• 売上の仕訳例（発生主義・現金主義別）
• PayPay for BusinessのCSVを活用した帳簿記録
• 会計ソフトとの連携で作業を効率化する

PayPayの申し込みや料金体系を改めて確認したい方は、以下の公式サイトから詳細を確認できる。

売上の仕訳例：発生主義（青色申告者向け）

青色申告の個人事業主向けに、PayPay売上の仕訳例を示す。たとえば5,000円（税込）の商品をPayPayで販売し、手数料80円（1.60%）が差し引かれて4,920円が口座に入金された場合、仕訳は以下のようになる。

売上発生日に「売掛金」として計上し、入金日に「普通預金」と「支払手数料」に振り替えるのが正確な処理だ。会計ソフト（freee・マネーフォワード等）では、この仕訳パターンをテンプレート登録しておくと毎月の作業が大幅に楽になる。
白色申告の事業者で現金主義を採用している場合は、入金日（口座着金日）に売上として計上する方法も認められるが、年度またぎの処理に注意が必要なのは同様だ。

PayPay for BusinessのCSVを活用した帳簿記録

PayPay for Businessのアプリまたは管理画面から、取引データをCSV形式でエクスポートできる。ダウンロードできる項目は「決済日時・店舗名・決済金額・手数料・入金金額・決済種別」など。これを月次でダウンロードして帳簿の元データとして使えば、転記ミスを防げる。
CSVの取得手順はPayPay for Businessアプリの「売上明細」→「CSVダウンロード」から行える。期間を指定してエクスポートするため、確定申告前に1月〜12月分を一括で取得することもできる。
実際に「年末にCSVをまとめて出力し、会計ソフトに取り込んで確定申告の準備が1時間で完了した」という個人事業主の声もある。事前にCSV出力の操作を確認しておくことをすすめる。

会計ソフトとの連携で確定申告準備を効率化する

freee・マネーフォワードクラウド・やよいの青色申告 オンラインなどの会計ソフトは、PayPayとの連携機能を持っているものがある。CSVのインポート機能を使うことで、取引データを自動的に仕訳として反映できる。
連携手順は各ソフトによって異なるが、基本的には「PayPay for BusinessからCSVをダウンロード→会計ソフトの取り込み画面でアップロード→勘定科目をマッピング設定」という流れだ。初回設定に30〜60分程度かかるが、以降は毎月数分で作業が完結する。
ここで押さえておきたいのは、取り込み時の勘定科目マッピングを誤ると全仕訳が間違いになる点だ。最初に正しいマッピング設定を確認し、試験的に1ヶ月分だけ取り込んで内容を検証してから本格運用することをすすめる。

主な会計ソフトとPayPayの連携状況をまとめると、freeeは「自動仕訳ルール」でPayPayのCSV列を自動認識でき、マネーフォワードクラウドは銀行口座連携と組み合わせることでPayPay入金を自動取得できる。やよいの青色申告はCSV取り込みに手動の列マッピングが必要だが、一度設定すると以降は簡単だ。
会計ソフトをまだ導入していない事業者は、無料トライアル期間中に操作感を確かめてから選択することをすすめる。年間の手数料を節税効果と比較して費用対効果を判断しよう。

PayPay利用で経費にできる費用の一覧

PayPayを業務で使う個人事業主が経費として計上できる費用は、手数料だけではない。以下の項目を確認しておこう。

• 決済手数料・早期振込手数料
• 端末・設置にかかる費用
• マイストア ライトプランの月額費用

決済手数料・早期振込手数料

PayPayの決済手数料（1.60〜1.98%）は前述の通り「支払手数料」として経費計上できる。翌日入金サービスを利用する場合にかかる早期振込手数料（入金額の0.0〜0.2%）も同様に「支払手数料」として処理できる。
これらの手数料は事業に必要な費用として税務上明確に認められており、申告書の提出時に添付書類は不要だ。ただし、PayPay for BusinessのCSVやアプリ画面の取引明細は、手数料の根拠資料として5〜7年間保存しておくことが税務上の義務となっている。
年間の手数料合計額はPayPay for Businessの年次レポートや、CSVの集計で確認できる。特に月商が高い時期は手数料も大きくなるため、漏れなく計上することが節税につながる。

参考として、月商100万円でPayPay比率が40%（40万円）の場合、手数料は1.60%なら6,400円/月・年間約76,800円の経費が発生する。この金額を見落とすと、所得税率が20%であれば年間約15,000円以上の余計な税金を払うことになる。毎年しっかり計上してほしい。
なお、手数料の控除を受けるために特別な手続きは不要だ。PayPay for BusinessのCSVを保存し、帳簿に記録するだけで十分だ。

端末・設置にかかる費用の経費処理

PayPayの標準的な導入は無料（QRコードステッカーのみ）だが、スキャナー端末・スマートフォン・タブレット・レシートプリンターを業務専用で購入した場合は経費に計上できる。
購入金額が10万円未満の場合は「消耗品費」として全額一括経費処理できる。10万円以上の場合は固定資産として減価償却が必要だ（器具・備品として4〜5年で償却する場合が多い）。スマートフォンなどプライベートと兼用の場合は、業務利用割合（例：70%）のみを経費として按分処理する。
なお、キャッシュレス決済専用の端末（PayPay専用スマートフォン等）を購入した場合は100%経費に計上できる。領収書・購入明細を保管しておくことを必ず行ってほしい。

マイストア ライトプランの月額費用

PayPayマイストア ライトプラン（月額550円・税込）を契約している場合、この月額費用も経費として計上できる。勘定科目は「支払手数料」または「通信費」のどちらを選んでも問題ない（税務署への届出や指定は不要）。
注意したいのは、マイストア ライトプランの費用はPayPay for Businessの管理画面で確認できるが、CSVの取引明細とは別管理になっている点だ。年間の合計（550円×12ヶ月=6,600円）を年末にまとめて計上することもできるが、月次で処理しておく方が帳簿の精度が上がる。
マイストア ライトプランを利用することで手数料が1.60%に固定されるメリットがある。月商20万円を超える事業者であれば、手数料削減効果と月額費用を比較して損益計算しておこう。

確定申告の際に「マイストア ライトプランの費用をどこに計上したらいいか分からなかった」という声は多い。シンプルに考えると「PayPayを使うために払っているサービス料」なので「支払手数料」が最もふさわしい。ただし自社の会計方針で「通信費」に統一している場合は、そちらに合わせても問題はない。一度決めた科目は毎年一貫して使い続けることが大切だ。
年度途中でライトプランに加入または解約した場合は、実際に課金された月数分だけ経費計上する。請求書はPayPay for Businessの管理画面から確認できる。

インボイス制度・電子帳簿保存法とPayPayの関係

2023年以降、インボイス制度と電子帳簿保存法の改正がPayPayを使う個人事業主の経理に影響を与えている。正しく対応しておかないとペナルティのリスクがある。

• PayPayのインボイス対応状況
• 電子帳簿保存法でPayPayデータを適切に保管する方法
• 消費税の扱いと免税事業者・課税事業者の違い

インボイス制度への対応状況やPayPayの最新情報は、公式サイトで随時更新されている。以下から最新情報を確認しておこう。

PayPayはインボイス制度に対応しているか

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は2023年10月に開始され、消費税の仕入税額控除を受けるためには「適格請求書（インボイス）」の発行・保存が必要になった。PayPay加盟店として受け取る決済の場合、PayPay自体は消費者向けの決済手段であるため、BtoCの小売・飲食・サービス業では基本的に適格請求書の発行義務は発生しない（一般消費者への販売は免除される）。
ただし、法人や個人事業主が業務目的でPayPayを使って自店から購入した場合（BtoB取引）では、購入者がインボイスを求めてくる可能性がある。フリーランスや士業など、事業者向けにサービスを提供している場合は適格請求書発行事業者への登録を検討する必要があるかもしれない。
なお、PayPayの決済手数料についてはPayPayが適格請求書を発行している。決済明細をPayPay for Businessで確認・保存することで、手数料分の仕入税額控除が可能だ。

電子帳簿保存法でPayPayのデータを保管する方法

電子帳簿保存法（2024年1月完全施行）では、電子データで受け取った帳簿・書類は電子のまま保存することが原則義務となっている。PayPay for Businessでダウンロードしたデータ（CSV・PDF等）は、電子取引データとして電子保存が必要だ。
具体的な保存要件は「①日付・金額・取引先で検索できること、②改ざん防止措置を講じること」が求められる。実務的には、クラウドストレージ（Google Drive・Dropbox等）に年月別にフォルダを作成してPDF・CSVを保存し、ファイル名に「20260131_PayPay取引明細」のように日付を含める方法で対応できる。
会計ソフトのクラウドサービスを使っていれば、多くの場合で電子帳簿保存法に準拠した保存機能を提供しているため確認してほしい。紙への印刷保存は2024年以降は原則認められないため注意しよう。

消費税の扱いと免税事業者・課税事業者の注意点

消費税の課税事業者（前々年の課税売上が1,000万円超）はPayPayの売上を税込・税抜で正確に処理する必要がある。帳簿の記載は「税抜処理」が原則で、消費税分は別途管理する。課税事業者がPayPayの手数料を経費処理する場合、手数料に含まれる消費税分は仕入税額控除の対象になる。
免税事業者（前々年の課税売上が1,000万円以下）はPayPayの売上を税込で収入として計上すれば足りる。ただし、インボイス制度への対応を機に課税事業者に登録した場合は、消費税の処理方法が変わるため注意が必要だ。
「気づいたら売上が1,000万円を超えていた」という事業者が課税義務を知らずに申告を誤るケースもある。PayPay for Businessの年間売上レポートで前々年の売上を毎年確認し、課税事業者の要件を超える前に税理士に相談しておくと安心だ。

インボイス登録事業者（課税事業者）の場合、PayPay決済の売上も適格請求書の発行義務の対象となりうるが、一般消費者との取引では適格請求書の交付は省略できる（小売業等の特例）。ただし請求書が必要な取引先が現れた場合は、適切に対応できる体制を整えておこう。
消費税の処理を誤ると、ペナルティとして「過少申告加算税」や「延滞税」が課される可能性がある。不安な場合は税理士や青色申告会への相談が確実だ。

よくある質問（PayPay 確定申告 個人事業主）

Q. PayPayの売上は事業所得ですか？雑所得ですか？

継続的に事業として行っている場合は事業所得として申告します。副業として単発的に行っている場合は雑所得になる可能性があります。判断に迷う場合は税理士に相談してください。

Q. PayPayの入金額をそのまま収入として計上してもいいですか？

入金額（手数料差引後）だけを収入にすると過少申告になります。売上全額を収入計上し、手数料を別途経費として処理するのが正しい方法です。

Q. PayPayの取引履歴はどのくらいの期間保存が必要ですか？

税務上の書類保存義務は原則7年（青色申告）または5年（白色申告）です。電子データは電子のまま適切な方法で保存してください。

Q. PayPayの手数料は消費税込みの金額で経費計上していいですか？

免税事業者は税込金額で経費処理できます。課税事業者は税抜処理が原則で、消費税分は仕入税額控除の対象になります。会計ソフトの設定を確認してください。

Q. 年間のPayPay手数料の合計はどこで確認できますか？

PayPay for Businessの管理画面またはアプリから年間の取引CSVをダウンロードし、手数料列を集計することで確認できます。確定申告前に必ず出力しておきましょう。

Q. 個人口座と事業口座が同じ場合でもPayPayは使えますか？

使えます。ただし、事業とプライベートの資金が混在すると帳簿管理が複雑になります。可能であれば事業専用口座を用意してPayPayの入金先に設定するのが望ましいです。

まとめ：個人事業主のPayPay確定申告 5つのポイント

PayPayを使う個人事業主の確定申告を正しく行うために、以下の5つを押さえよう。

• 収入計上は売上発生日（決済日）が基準：入金日ではなく、PayPayで決済が成立した日に計上する
• 手数料は「支払手数料」として全額経費処理：入金額のみを収入とせず、売上全額と手数料を分けて記帳する
• CSVを月次でダウンロードし帳簿に反映する：PayPay for Businessのデータを活用して記録の正確性を高める
• 電子データは電子のまま保管する：2024年以降、電子帳簿保存法により紙への印刷保存は原則不可
• 年末に12月未入金PayPay売上を必ず確認する：年度またぎの売上を忘れずに当年分として計上する

確定申告でPayPayの売上・手数料を正しく処理することで、節税の機会を最大化しつつ税務リスクも回避できる。帳簿付けに不安がある場合は税理士に相談するか、クラウド会計ソフトの導入を検討しよう。特にPayPayを導入してから初めての確定申告では、CSVの出力・仕訳設定を早めに確認しておくことが大切だ。年末になってから焦らないよう、今のうちに準備しておくことをすすめる。
PayPayの導入や料金プランについて改めて確認したい方は、以下から詳細をチェックしてほしい。