(最終更新：2026年9月)
PayPayを店舗に導入しているが、電子帳簿保存法への対応が正しくできているか不安ではありませんか？
2024年1月から電子取引データの電子保存が完全義務化され、PayPay for Businessの取引データも適切に保存・管理する義務があります。「CSVをダウンロードしておけば大丈夫？」「紙に印刷して保管ではダメ？」と迷っている加盟店担当者は少なくありません。
結論からいえば、PayPay for Businessの取引履歴は電子帳簿保存法の「電子取引」に該当し、法律の要件を満たした方法で電子データのまま保存しなければなりません。要件を満たさないまま放置すると、税務調査での経費否認や青色申告特典の喪失リスクにつながります。この記事では、PayPay加盟店が電子帳簿保存法に対応するための義務と具体的な保存・管理手順を解説します。
| この記事でわかること |
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PayPayと電子帳簿保存法の関係：なぜ加盟店も対象になるのか
この章では、次の3点を順番に確認します。
- 電子帳簿保存法の全体像と3つの保存区分
- PayPayの取引データが「電子取引」に該当する根拠
- 2024年1月の完全義務化と現在求められる対応
「大企業向けの話」という印象を持たれがちですが、個人事業主を含む日本のすべての事業者が対象です。まず基本を整理しましょう。
電子帳簿保存法とは？3つの区分と加盟店への影響
電子帳簿保存法（電帳法）は、税務関係書類を電子データで保存するルールを定めた法律です。
「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3区分があり、PayPay加盟店に最も関係するのは電子取引データ保存です。
電子取引データ保存とは、メール・アプリ・クラウドなど電磁的な方法でやり取りした取引情報を電子データのまま保存する義務のことです。
以前は「やむを得ない事情があれば紙保管でもよい」という猶予措置がありましたが、2024年1月以降はその猶予が終了し、電子データでの保存しか原則として認められていません。
ここで押さえておきたいのは、帳簿や書類の電子化（電子帳簿等保存・スキャナ保存）は任意である一方、電子取引データの電子保存は義務という点です。
「PayPayの取引データは電子データで管理する」という前提で業務フローを今日から組み立てる必要があります。
PayPayの取引データが「電子取引」に当たる理由
PayPay for Businessから受け取れる「取引履歴」「入金履歴」には、支払日時・金額・決済方法などの取引情報が含まれています。
これらはアプリまたはウェブという電磁的媒体を通じてやり取りされるため、電子帳簿保存法上の電子取引に明確に該当します。
よくある誤解が「PayPayは店舗がお客さんからお金を受け取るだけだから電子取引とは関係ない」という考えです。
しかし電子帳簿保存法では受取側も対象であり、PayPayを通じて受領した売上データも適切に保存しなければなりません。仕入れや経費の支払いにPayPayを使っている場合も同様です。
具体的には、PayPay for Businessで取得できる取引履歴CSVや入金履歴が「電子取引データ」にあたります。
「閲覧できる状態にある」だけでは不十分であり、適切な形式で取得し要件を満たした状態で保存することが法律上求められています。
2024年1月の完全義務化と現在の対応状況
2023年末までは「システム対応が難しい場合は紙保存でも可」という経過措置がありましたが、2024年1月以降はその猶予が完全に終了しています。
2026年時点では、電子取引データの電子保存は「当然やっているべきこと」として税務調査でも確認されます。
実際に調査が入った際、PayPayやクレジットカードなどキャッシュレス決済データが適切に管理されていないと、経費や売上の計上を否認されるリスクがあります。
対応を先送りにしている店舗では、3〜5年分のデータ遡及を求められるケースもあるとされています。今から整備することがリスク管理の観点で不可欠です。
PayPay加盟店が電子帳簿保存法で対応すべき3つの義務
電子取引データ保存に関して加盟店が満たすべき要件は、以下の3つです。
- ①電子取引データを電子データのまま保存する（紙のみでの保管は原則NG）
- ②真実性の確保（改ざんを防ぐための具体的措置）
- ③可視性の確保（検索性の担保）
3要件のうち、実際に多くの加盟店が後回しにしがちなのが③の可視性確保です。①②だけを整えてデータを「とりあえず保存」しているだけでは、税務調査時に提示を求められても探し出せない事態になりかねません。PayPay導入の手続きについても、以下からご確認ください。
義務①電子取引データの電子保存（紙印刷・廃棄は原則NG）
最も基本的な要件は、電子取引で受け取ったデータを電子データのまま保存し、印刷した紙のみで管理する運用をやめることです。
PayPay for Businessの画面をプリントアウトして「これで保管OK」とする方法は、2024年1月以降は認められていません。
ただし、消費者から紙の領収書を求められた場合などは紙での保存が別途必要です。
「電子取引分は電子データで、紙で発行した書類は紙で」という2本立て管理が正しい対応です。どちらか一方に統一する必要はなく、書類の種類で使い分けます。
よくあるミスとして「CSVをダウンロードしたままデスクトップに置きっぱなし」という管理があります。
ダウンロードは第一歩にすぎません。保存場所・ファイル名・バックアップまで整備して初めて要件を満たします。まずデータのダウンロード頻度（月次・四半期など）をルール化するところから始めましょう。
義務②真実性の確保（改ざん防止措置）
電子取引データには「改ざんされていない正規のデータである」ことを担保する措置が必要です。
具体的な方法は①タイムスタンプの付与、②訂正・削除履歴が確認できるシステムの利用、③事務処理規程（社内ルール文書）の策定・運用の3つから選択できます。
小規模な店舗や個人事業主にとって最も現実的なのは、③事務処理規程の策定です。
「電子取引データは受領後〇日以内に所定のフォルダに保存し、上書き・削除は禁止する」といった内容を文書化するだけで要件を満たせます。国税庁がサンプル規程を公開しているため、それをベースに自社用にアレンジすると手間が省けます。
タイムスタンプは専用サービスを利用する必要があり、月額数千円〜のコストが発生します。
個人事業主や小規模店舗はまず事務処理規程で対応し、規模が大きくなってから専用システムの導入を検討する段階的アプローチが現実的です。
義務③可視性の確保（検索機能の担保）
保存したデータは税務調査の際に「日付」「金額」「取引先」で検索できる状態にしておく必要があります。
freee・マネーフォワード クラウド・弥生クラウドなど主要な会計ソフトは電子帳簿保存法対応機能を搭載しており、導入すれば検索要件を自動的に満たせます。
会計ソフトを使用していない場合でも、売上高が5,000万円以下の事業者は検索要件の緩和措置を利用できます。
「日付_取引先_内容」などの命名規則でファイルを整理・フォルダ管理するだけで要件を満たすと認められます。たとえば「20260921_PayPay売上取引履歴.csv」のようなファイル名です。
よくあるミスは「2026年9月分」などまとめて記録することです。
税務調査では個別の取引日・金額を追跡できることが求められます。PayPay for BusinessのCSVには取引ごとの日時・金額が記録されているため、それをそのまま命名規則に沿って保存するのが最短の対応です。
PayPay for Businessで電子帳簿保存法に対応するデータのダウンロード方法
この章では、PayPay for Businessから実際にデータを取得する手順を解説します。
- 取引履歴CSVのダウンロード手順
- 入金履歴のダウンロードと保存のポイント
- ダウンロードしたデータをどこに保存するか
操作手順を把握しておくと、毎月の経理作業をスムーズに進められます。
取引履歴CSVのダウンロード手順（PayPay for Business）
PayPay for Businessでは、取引履歴をCSV形式でダウンロードできます。
手順はPC版ブラウザにログイン→「売上管理」→「取引履歴」→期間を指定して「CSVダウンロード」の順です。スマートフォン・タブレットのアプリからはダウンロードできないため、必ずPC（またはタブレットの横向き）から操作してください。
CSVには取引日時・決済金額・決済方法・取引IDが含まれています。
電子帳簿保存法上必要な「日付・金額・取引情報」をカバーしているため、このCSVを適切に保存することが電帳法対応の核心です。
注意したいのは、ダウンロードできる期間の範囲に限りがある点です。
保存漏れがないよう月次または四半期ごとの定期ダウンロードをスケジュール化することをお勧めします。カレンダーにリマインダーを設定するだけで「気づいたらデータがなかった」という事態を防げます。
入金履歴のダウンロードと保存のポイント
取引履歴（個別の決済データ）に加えて、入金履歴（PayPayから自社口座への振込記録）もダウンロードして保存することをお勧めします。
入金履歴は「いつ・いくら・どのIDの入金か」を記録しており、取引履歴と照合することで売上と入金の整合性を確認できます。
電子帳簿保存法の観点では入金履歴も電子取引データに含まれるため、同様に電子データとして保存する義務があります。
手順は「売上管理」→「入金履歴」→期間指定→「CSVダウンロード」で、取引履歴と同じ画面から操作できます。
押さえておきたいのは、取引履歴と入金履歴の両方を保存することで帳簿の整合性が高まるという点です。
片方だけ保存していると、税務調査で「売上と入金の記録が合わない」と指摘されるケースがあります。両方のCSVを同じフォルダにまとめ、年月別に整理しておきましょう。
ダウンロードしたデータをどこに保存するか
保存先の選択肢は主に3つあります。①ローカルPCのフォルダ（バックアップ必須）、②NAS・社内サーバー、③クラウドストレージ（Google Drive・Dropbox・OneDriveなど）です。
| 保存先 | コスト目安 | 安全性 | 小規模店舗での推奨度 |
|---|---|---|---|
| ローカルPC | 無料 | 低（故障・紛失リスク） | △（バックアップ必須） |
| 社内サーバー・NAS | 初期費用数万円〜 | 中 | ○ |
| クラウドストレージ | 月額数百円〜 | 高（冗長化済み） | ◎ |
小規模店舗や個人事業主には、Google DriveやDropboxなどのクラウドストレージが最もコストパフォーマンスに優れています。
ただし、クラウドを使う場合でもフォルダ構造と命名規則を先に決めることが必須です。整理されていないクラウドは検索要件を満たせない可能性があります。
電子帳簿保存法に準拠したPayPayデータの保存・管理手順
データをダウンロードしたあとの管理方法を具体的に解説します。
- ファイル命名規則で検索要件を満たす方法
- 会計ソフトとの連携による自動化
- 保存期間と定期バックアップのルール
一度この仕組みを整えてしまえば、毎月の経理作業の負担が大幅に減ります。PayPay導入をご検討の方は以下もご参考にどうぞ。
ファイル名のつけ方と検索要件を満たす命名規則
売上高5,000万円以下の事業者は「適切なファイル名とフォルダ管理」で検索要件の緩和措置を利用できます。
基本的な命名規則は「日付_取引先_内容」の形式です。月次CSVであれば「20260901-20260930_PayPay売上取引履歴.csv」のように命名し、年月別フォルダに格納します。
フォルダ構造の例を挙げると、「電子取引データ」→「2026年」→「09月」→「PayPay取引履歴_202609.csv」「PayPay入金履歴_202609.csv」という形です。
フォルダ名と日付が整合していれば、税務調査で「2026年9月分のPayPayデータを見せてください」と言われたときにすぐ提示できます。
よくあるミスは「まとめてダウンロードして1つのフォルダに混在させる」ことです。
種別（取引履歴/入金履歴）と期間（年月）でフォルダを分けることで、特定の取引を探す手間が格段に減ります。今月分のフォルダを作成してダウンロードするところから定期運用を始めましょう。
クラウドストレージ活用と会計ソフト連携の方法
電子帳簿保存法への対応をより確実にしたい場合、会計ソフトとの連携が有効です。
freee・マネーフォワード クラウド・弥生クラウドなど主要な会計ソフトは電子帳簿保存法対応機能を搭載しており、PayPay for BusinessのCSVを取り込むことで仕訳と保存の一体化が図れます。
会計ソフトにCSVを取り込んだ場合、ソフト内でタイムスタンプや検索機能が担保されるため、別途フォルダ管理が不要になるケースもあります。
ただし、会計ソフトへの取り込みだけで「電子取引データの保存」が完結するかどうかは利用するソフトと機能設定によります。ソフト提供会社のサポートで自社の対応状況を確認することをお勧めします。
注意したいのは、会計ソフトとは別に原本のCSVも一定期間保存しておくことです。
ソフトの乗り換えや契約終了時にデータを移行できない事態に備え、原本CSVもクラウドに別途保管しておくと安心です。
保存期間と定期バックアップのルール
電子取引データの保存期間は確定申告の区分によって異なります。
青色申告事業者は7年間、白色申告事業者は5年間の保存が必要です。 期間内にデータを削除すると法律違反となるため、ストレージの容量管理にも注意が必要です。
定期バックアップの目安は「月次でダウンロード→クラウドに保存→四半期に1回ファイルの開通確認」という3ステップです。
特にCSVは文字コードの問題で文字化けするケースがあるため、開通確認を省かないようにしましょう。
クラウドストレージはサービス終了リスクもあるため、2か所のストレージに分散保存する「冗長化ルール」を設けるとデータ消失リスクをさらに下げられます。
今すぐ取れる具体的なアクションは、今月のPayPay取引履歴CSVをダウンロードし、命名規則に沿ったフォルダに保存することです。
電子帳簿保存法違反のリスクとPayPay加盟店が注意すべきポイント
要件を満たさない場合のリスクと、税務調査で指摘されやすいポイントを整理します。
- 電子帳簿保存法違反による具体的なペナルティ
- 税務調査で指摘されやすい管理上のミス
- 個人事業主と法人で対応に違いはあるか
リスクを正確に把握しておくことで対応の優先度が判断しやすくなります。
電子帳簿保存法に違反した場合のペナルティ
電子帳簿保存法違反そのものに対する直接的な罰金規定は設けられていません。
しかし、電子取引データを適切に保存していない状態で税務調査を受けると、経費・売上の計上根拠が否認されるリスクがあります。根拠データが存在しなければ調査官の判断で所得を修正される可能性があります。
さらに深刻なのは、帳簿の改ざんや隠蔽が認定された場合に課される重加算税です。
重加算税は本来の税額に35〜40%が上乗せされます。追徴税額が100万円なら最大40万円の追加負担が生じます。電子データを適切に管理していれば防げるペナルティです。
青色申告の承認を取り消されるリスクも見逃せません。
青色申告特典（最大65万円控除など）を失うと実質的な税負担が急増します。保存コストは月数百円のクラウド代のみである一方、違反時のリスクはその何百倍にもなりうるという点を押さえておきましょう。
税務調査で指摘されやすいポイントと対策
PayPay加盟店が税務調査で指摘されやすいパターンを3つ挙げます。
①電子取引データが紙保存のみ（CSVを印刷して電子版を削除）、②データは存在するが日付・金額での検索ができない状態、③取引履歴と会計帳簿の金額が合わない（二重計上・漏れ）です。
①については、データを印刷した場合でも電子データを削除してはいけない点を徹底してください。
②はフォルダ管理の命名規則で対応できます。③は月次でPayPay for BusinessのCSVと会計帳簿を照合する習慣が防止策です。
調査が入った際、PayPayなどキャッシュレス決済の履歴は提示を求められる頻度が高いとされています。
「出せません」と答えることが最大のリスクです。ダウンロード済みのデータがあれば、その場でクラウドから即座に提示できます。まずデータが手元にある状態をつくることを最優先にしてください。
個人事業主と法人では対応に違いがあるのか
基本的な対応要件（電子保存・真実性・可視性）は個人事業主も法人も共通です。
法人では経費精算システムや電子契約システムと連携した一元管理が求められるケースが多く、個人事業主はフォルダ管理と事務処理規程でシンプルに対応できる場合がほとんどです。
個人事業主で売上高5,000万円以下であれば検索要件の緩和措置を使えるため、システム投資ゼロでの対応が可能です。
事務処理規程のサンプルは国税庁のウェブサイトから入手できます。A4・1枚程度のシンプルな文書を作成・署名・日付入りで保管するだけで「改ざん防止措置」の要件を満たせます。
注意してほしいのは「個人事業主だから対応しなくてよい」という誤解で、個人事業主も電子取引をしている以上、同じルールが適用されます。
法人は税理士や顧問会計士と連携して対応フローを確認することをお勧めします。
PayPay電子帳簿保存法についてよくある質問
Q. PayPayの取引履歴を紙に印刷して保管してはいけないのですか？
2024年1月以降、電子取引データは電子データのまま保存する義務があります。紙を参考資料として手元に置くことは問題ありませんが、紙のみの保管では法的要件を満たしません。
Q. 個人事業主でもPayPayの取引データを電子保存する必要がありますか？
はい、個人事業主も対象です。事業でPayPayを使用しているすべての方に電子帳簿保存法が適用されます。売上高5,000万円以下であれば検索要件の緩和措置を活用できます。
Q. PayPay for Businessのデータはどのくらいの期間保存が必要ですか？
青色申告は7年間、白色申告は5年間の保存が必要です。保存期間中にデータを削除しないよう、ストレージの管理計画をあらかじめ立てておきましょう。
Q. 会計ソフトにCSVを取り込めば、原本のCSVは削除してもよいですか？
会計ソフトが電子帳簿保存法に対応している場合は原本削除が可能なケースもありますが、ソフトの仕様を確認してから判断してください。不明な場合は原本も保存しておくほうが安全です。
Q. 事務処理規程は税理士に頼まないと作れませんか？
国税庁が公開しているサンプル規程を参考に、ご自身で作成できます。個人事業主向けの簡易版ならA4・1枚程度でOKです。日付・署名を入れて保管してください。
Q. PayPayだけでなく楽天ペイやd払いも同じ対応が必要ですか？
はい、電子取引に該当するすべてのキャッシュレス決済が対象です。PayPayと同様に各サービスの取引履歴をダウンロードして電子保存する必要があります。
まとめ：PayPay加盟店の電子帳簿保存法対応ポイント
この記事では、PayPay電子帳簿保存法への対応について次のポイントを解説しました。
- PayPayの取引データは電子取引に該当し、電子データのまま保存する義務がある
- 満たすべき要件は「電子保存」「真実性（改ざん防止）」「可視性（検索性）」の3つ
- PayPay for BusinessからCSVをダウンロードし、命名規則に沿ってクラウドに保存する
- 売上高5,000万円以下ならフォルダ管理＋事務処理規程でシステム投資ゼロで対応可能
- 保存期間は青色申告7年・白色申告5年。期間中の削除は違反になる
電子帳簿保存法への対応は、一度仕組みを整えてしまえば毎月数十分の作業で維持できます。
後回しにするほどリスクが積み上がるため、今日からPayPay for Businessにログインして今月の取引履歴CSVをダウンロードすることが最初の一歩です。PayPayの導入や活用についてさらに詳しく知りたい方は、以下からご確認ください。
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